ndisc6 に入っている rltraceroute6 を使えば良いっぽい。

sudo apt-get install ndisc6

ping6 は通るけど traceroute6 が失敗する場合、途中のルーターでUDPが落とされている可能性がある。-I オプションで ICMPv6 Echo を送るようになる

rltraceroute6 -I  [host]