最短の結論

server の指定を消して pool だけ書けば良い。pool は DNS ラウンドロビンしているドメイン名を指定すれば、返ってくるIPアドレスをすべて同期先に登録する (複数 server を書くのと同じ)

pool ntp.jst.mfeed.ad.jp iburst

確認

状態の確認は ntpq -p

watch ntpq -p

offset が上位サーバとのズレ (ms)。

http://www.jst.mfeed.ad.jp/others/01.html を見ると、mfeed の時点で ±2msぐらいのずれはあるようなのであんまり気にしても負け。

ネットワーク的な近さ

うちでは ntp.nict.jp よりも mfeed のほうが近い (7〜8ms 6hop)。mfeed は st=2 だが、nict と mfeed は専用線接続 (インターネットを経由しない) なので外乱なしで安定している。

ちなみに IPv6 より IPv4 のほうが traceroute6 的には hop 数がすくなかったけど、DS-Lite で transix (mfeed) まで IPv6 トンネル貼ってるからで、基本的には IPv6 のほうが近い気がする。ただ、IPv6 では DNS ラウンドロビンしているホスト名がないので pool は使えず、server ですべてのサーバを指定する必要がある。